目前，呼吸機管路的消毒常用方法有化學消毒方法、氣體熏蒸法、熱力消毒法。

消毒過程兩步驟：

用清洗方法去除盡可能多的微生物；

化學、熏蒸滅菌方法去除剩余的微生物。

呼吸機內部主機的清潔：呼吸機內部主機多為電子原件，不能使用常規方法清潔，需由工程師定期保養

呼吸機外殼的清潔：呼吸機外殼可用溫水紗布輕輕擦凈。明顯污染時可用酒精或含氯消毒劑擦拭。

1）化學消毒方法：

常用的有含氯消毒液、2％戊二醛堿性溶液、0．5％過氧乙酸溶液。被消毒器材必須去凈痰跡、血跡、油污等。被消毒物品必須全部浸入溶液中，徹底脫開各個連接部件。消毒完畢，必須用滅菌蒸餾水將消毒液沖洗干凈。

2）氣體熏蒸法：

環氧乙烷氣體消毒可殺死霉菌，孢子及較大的病毒。環氧乙烷可穿透橡膠、塑料、玻璃紙、紙報等，無腐蝕性和破壞性，是比較理想的消毒方法。環氧乙烷消毒后，有效期為一年，但消毒后不能立即使用，需經一周時間待環氧乙烷揮發盡后，才能使用。

（3）熱力消毒法：

高溫高壓消毒法