1.通過呼吸機排出的氣體含有大量致病菌，既污染了環境，又易造成院內交叉感染。臨床上往往對呼吸機排出氣體的污染未加重視，為切斷患者呼出氣體中致病菌對病室空氣的污染，防止院內交叉感染，減少對醫護人員的危害，在呼吸機呼出端安裝細菌過濾器能較好地避免此類問題，但隨著時間的延長，使用過濾器患者呼吸機出氣端標本培養結果陽性的病例有所增加。并且現在臨床會利用空氣消毒設備（如層流設備，三氧空氣消毒機等），能較好的處理室內污染空氣，所以現在不需要常規在呼吸機呼氣端安裝呼吸機細菌過濾器。

2.根據中華人民共和國衛生行業標準WS392-2012 《呼吸機臨床應用》附錄C．6.3指出：推薦一般患者在呼吸機吸氣端使用細菌過濾器；對于有呼吸道傳染可能的情況（如結核、流感等），應在呼氣端也安裝過濾器,因此對于特殊感染及傳染病患者建議在吸氣端和呼氣端均使用細菌過濾器。