呼吸機的消毒應遵循先徹底清洗，尤其是接觸患者的呼出氣體的部分，如管道、加溫濕化器和呼氣閥等（部分呼吸機帶細菌過濾器），可先用清洗劑沖洗，將其中的分泌物，痰痂等徹底清除，然后再消毒。消毒后經蒸餾水沖洗晾干備用。經化學消毒劑消毒后的呼吸機管路應用蒸餾水清洗，而不建議用自來水，以免造成不必要的污染。

呼吸機管路清潔：

(1)管路清潔：要仔細檢查管道內有無痰痂、血漬、油污及其他臟物殘留，若不沖洗干凈則難以達到徹底消毒的目的。

(2)傳感器的清洗：由于傳感器屬精密的電子產品，價格昂貴，并且有各自的性能特點，必須根據各自呼吸機的說明書或操作指南進行清洗。

(3)呼吸機內部主機的清潔：呼吸機內部主機多為電子原件，不能使用常規方法清潔，需由工程師定期保養。

(4)呼吸機外殼的清潔：呼吸機外殼可用溫水紗布輕輕擦凈。明顯污染時可用酒精或含氯消毒劑擦拭。

呼吸機管路消毒：

目前，呼吸機管路的消毒常用方法有化學消毒方法、氣體熏蒸法、熱力消毒法。

消毒過程兩步驟：

用清洗方法去除盡可能多的微生物；化學、熏蒸滅菌方法去除剩余的微生物。

(1)化學消毒方法

常用的有含氯消毒液、2%戊二醛堿性溶液、0.5%過氧乙酸溶液。

被消毒器材必須去凈痰跡、血跡、油污等。

被消毒物品必須全部浸入溶液中，徹底脫開各個連接部件。

消毒完畢，必須用滅菌蒸餾水將消毒液沖洗干凈。

(2)氣體熏蒸法

環氧乙烷氣體消毒可殺死霉菌，孢子及較大的病毒。環氧乙烷可穿透橡膠、塑料、玻璃紙、紙報等，無腐蝕性和破壞性，是比較理想的消毒方法。

環氧乙烷消毒后，有效期為一年，但消毒后不能立即使用，需經一周時間待環氧乙烷揮發盡后，才能使用。

(3)熱力消毒法：高溫高壓消毒法

濕化器的消毒:

在呼吸機使用過程中，裝有過濾紙者應更換過濾紙，及時更換液體(使用中的呼吸注意濕化器內應注入無菌蒸餾水，以免液體中的結晶物沉淀而損害蒸發器，影響濕化效果。）為避免病原微生物的生長，繁殖及呼吸機腐蝕損壞，每次使用后應倒掉濕化器內的液體；浸泡消毒，晾干備用。

傳感器的消毒：75%酒精浸泡15分鐘，自然風干。一個病人使用后消毒一次。

呼氣盒的消毒：中空的，先用水沖洗，75%酒精浸泡12h，滅菌蒸餾水沖洗，晾干。

加熱導線的消毒：75%酒精浸泡30分鐘。